伯胺标记
NHS 酯主要与赖氨酸侧链和蛋白 N 端的可接近伯胺反应。Tris、甘氨酸会竞争消耗染料，BSA 和明胶也会被标记。小分子可通过适合样品的换液方法去除；载体蛋白需单独分离，或改用无载体样品。
巯基标记
Maleimide 需要游离且可接近的巯基，二硫键中的半胱氨酸不能直接参与反应。需要还原时，检查处理后的完整性、聚集和功能，并处理还原剂残留。多个可用巯基可能产生多个标记位点。
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