纯化后同时比较标记度、样品回收、特异信号和背景，避免用总荧光判断效果。
游离染料会抬高吸收读数和背景。先将其与产物分离，再测目标分子浓度和平均标记度（DOL）；同时检查沉淀或聚集。计算使用对应染料的消光系数、吸收校正参数及目标分子的定量参数。
按相同目标浓度比较：抗体看特异结合与阴性背景，酶看活性，核酸看杂交或预期功能。保存前后用同一检测设置复测信号、聚集和功能。新制偶联物的保存条件按目标分子和配方确定。
以目标分子浓度而非总蛋白浓度匹配样品；含 BSA 等添加物时，总蛋白量不能代表目标回收量。报告 DOL、目标回收率、阳性与阴性信号以及检测设置，便于决定是否需要调整投料或纯化。
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